Primäres Ziel der HydroGen3-Entwicklung war, die Leistungsfähigkeit und Alltagstauglichkeit des Antriebssystems im Vergleich zum HydroGen1 zu verbessern. Im Rahmen dieser Überarbeitung gelang es, auf einige Komponenten zu verzichten, die im HydroGen1 noch notwendig waren. Als Nebeneffekt reduzierte sich so auch das Fahrzeug-Gewicht weiter in Richtung des angestrebten Zielwertes von 1.590 Kilogramm.

Für die Entwicklung des wie seine Vorgänger auf dem erfolgreichen Compact Van Zafira basierenden HydroGen3 zeichnet das von Opel und GM gemeinsam betriebene Entwicklungszentrum für alternative Antriebe (GAPC - Global Alternative Propulsion Center) mit Standorten im deutschen Mainz-Kastel sowie in Warren und Rochester (USA) verantwortlich 

Das prominenteste Bauteil, auf das man beim HydroGen3 verzichten konnte, ist die Hochleistungs-Pufferbatterie. Dieser Energiespeicher diente beim HydroGen1 noch dazu, Leistungsspitzen des Antriebs abzudecken, wurde jetzt aber überflüssig, weil die GAPC-Ingenieure das Brennstoffzellen-System dynamisch so optimiert haben, dass es den Lastbedarf unverzüglich aus eigener Kraft bereitstellen kann. Dieser Fortschritt bringt eine Gewichtseinsparung von fast 100 Kilogramm und weiterhin den Vorteil mit sich, dass der Laderaumboden des Wasserstoff-Zafira jetzt dem Niveau des Serienmodells entspricht. Damit steht im HydroGen3 der volle Laderaum des Zafira in der Fünfsitzer-Anordnung zur Verfügung.

Die Optimierung der Architektur des gesamten Brennstoffzellen-Systems führte außerdem dazu, dass das durch die Reaktion von Wasserstoff und Sauerstoff in den Zellen anfallende Wasser ausreicht, um den Feuchtigkeitsbedarf der Brennstoffzellen-Membranen zu decken. Das machte zusätzliche externe Befeuchtungskomponenten für die Zellen überflüssig und bedeutete weitere Raum- und Gewichtsvorteile.

Weiterentwickelt wurde auch das elektrische Traktionssystem, das jetzt wesentlich kompakter ausgelegt ist. Das komplette, aus Wechselrichter, Elektromotor sowie Getriebe mit Parksperre und Differential bestehende Modul, das zwischen dem Gleichspannungs­wandler und der Antriebswelle als Schnittstellen positioniert ist, wiegt insgesamt nur 92 Kilogramm. Zudem kann es jetzt auf den vorhandenen Lagerpunkten des Zafira montiert werden, was einen weiteren Schritt in Richtung Seriennähe bedeutet. Hierzu gehört auch eine wesentliche Komfortverbesserung, die der HydroGen3 gegenüber seinem Vorgänger aufweist: An Bord des Versuchsträgers sorgt nun eine elektrisch betriebene Klimaanlage für angenehme Temperaturen. Außerdem verfügt das Fahrzeug über ein komplettes Diagnosesystem, das den Fahrer laufend über den Zustand aller Systeme informiert.